西方殖民者入侵前，长期由阿拉伯苏丹进行统治。

１８４１年法国侵入马约特岛。１８８６年其他三岛也处于法国势力控制下。

１９１２年正式沦为法国殖民地。１９１４年划归法国驻马达加斯加殖民当局管辖。

１９４６年成为法国“海外领地”。１９６１年通过议会投票取得内部自治。

１９７３年与法国签订协定，法国被迫承认科摩罗独立。１９７５年７月６日，科摩罗议会通过决议，宣布独立。阿卜杜拉出任第一任总统。

１９７５年８月３日原自治政府工程部长阿里·萨利赫等人发动政变，１９７６年１月萨利赫当选为总统，１９７８年５月，萨利赫政权被推翻，阿卜杜拉又当选总统，同年１０月２２日，改国名为科摩罗伊斯兰联邦共和国。

１９９０年赛义德·乔哈尔当选总统。２００１年１２月２３日更名为科摩罗联盟。