科摩罗经济不发达，医疗卫生设施较落后。除马约特岛外，科目前全国三岛各拥有一所较大的医院，但疑难病症则需到国外治疗。

科摩罗没有社会医疗保险制度，即使是国家公职人员，看病也须自筹。

科摩罗社会事务部设有国家卫生总局，负责全国的医疗卫生事宜和发布有关传染病医疗方面的信息。

科摩罗近年来主要的流行性传染病有：

（一）疟疾：主要流行恶性疟疾，其中有脑疟疾、肾脏疟疾、腹泻疟病等，全年流行。疟原虫变种多、抗药性强，复发率高、较难预防。当地居民发病率为35%，死亡率高，儿童死亡率在5%以上。

（二）霍乱：每年流行4-6个月，主要在每年的7-10月流行。此病来势猛、流行快，一般在城镇人口集中地区流行。因科医疗条件差，霍乱流行期难以及时接受病人入院治疗。大科岛和莫罗尼市每年都有几千病倒。昂儒昂岛发病率、死亡率更高。

（三）肝炎：主要流行乙型肝炎，全年流行，发病率为6%。

（四）登革热：雨季流行。主要发病区在乡村。发病率为10%，死亡率较高。

（五）丝虫病：全年流行，当地居民发病率为8-10%。（六）胃肠道寄生虫病：因生活条件和卫生条件差，当地居民多患此病，较难治愈。另外，科摩罗系岛国，运输困难，供应匮乏，饮用水质不好，常年不定时停水、停电，对工作和身体都有较大影响。